Tuttavia, vi sono comunque diversi problemi potenziali che potrebbero derivare dell’utilizzo di Ogm:
1) la possibilità che i geni Ogm vengano trasferiti a varietà selvatiche;
2) i rischi per la biodiversità prodotti dall’espansione non controllata di varietà resistenti a erbicidi o parassiti;
3) la formazione di nuove varietà di parassiti resistenti ancora più aggressivi;
4) la possibilità che i prodotti utilizzati per le specie infestanti, risultino tali anche per specie utili o comunque non dannose (come la controversa vicenda degli effetti della tossina Bt sulla farfalla monarca).